To zjawisko występuje chyba we wielu szczeniakach (a może nawet we wszystkich). U siebie zaobserwowałem to na Lucid 520, a obecnie na Precise 5.6.1, jednak się tym kompletnie nie przejmuję, bo wystarczy po prostu zacząć pisać cokolwiek - przy pierwszym naciśnięciu klawisza w dowolnym polu edycyjnym flaga USA od razu zmienia mi się na polską i mogę normalnie pisać po polsku z naszymi znakami (i jest to trwała zmiana utrzymująca się do momentu zamknięcia systemu operacyjnego).
U mnie są akurat flagi reprezentujące bieżący układ klawiatury, bo to sobie tak poustawiałem:
http://forum.puppylinux.pl/index.php?topic=565.0