Nie jestem aż takim "szpecem", żeby Ci jednoznacznie doradzić (zdaje się, że bootmanager woła o całkiem inny plik), jednak podpowiem może ewentualnie nieśmiało dwie rzeczy, które powinny może pomóc:
1. http://puppylinux.org/main/Puppy430-tutorial-English.pdf (tu krok po kroku wraz z "obrazkami" i po angielsku wyjaśnione łopatologicznie, jak zainstalować Puppy Linux'a na USB, na przykładzie starszej wersji 4.3, jednak w stosunku do nowszych wersji tego systemu nic się istotnie nie zmieniło; nie korzystałem nigdy z tej opcji, choć mam Puppy Linux'a 4.3 dodatkowo awaryjnie właśnie na pędraku)
lub
2. Skorzystaj z programu unetbootin --> http://unetbootin.sourceforge.net/ --> osobiście właśnie tak zainstalowałem Puppy Linux'a 4.3 na moim pędraku i działa aż miło (korzystałem z wersji "windzianej" tego programiku, ale na Puppym unetbootin też mi śmiga --> po pobraniu wersji dla Linuksa nadałem z prawokiliku wykonywalność + doinstalowałem pakiet p7zip-4.58.pet z forum "murga", a pakiet mlabel, o który woła, niepotrzebny, bo to tylko do wrzucania ArchLinuxa na pędraka wymagane)
No może jeszcze Ci inni coś dopomogą.