Napisz skrypt to znaczy utwórz nowy plik, nazwij go sobie jak chcesz na przykład 'minecraft' (zwróć tylko uwagę żeby w katalogu w którym go umieszczasz nie było pliku o takiej nazwie), następnie prawoklik na niego, otwórz jako tekst i teraz wyedytuj, na przykład coś takiego:
#! /bin/sh
java -jar /ścieżka do pliku wykonywalnego/minecraft.jar "$1"
Zatwierdź zmiany, jeszcze raz przawoklik, wybierasz 'Właściwości', zaznaczasz Właściciel-Wykonanie (jeżeli masz niespolszczone to Owner-Exec). Kliknij ten plik (skrypt) i zobacz czy Ci się Minecraft uruchamia.
Muszę się przyznać że taki ze mnie programista jak z koziej dupy trąbka więc nie jestem pewien czy to najbardziej prawidłowy sposób, w każdym razie u mnie działa. Jeżeli chcesz możesz dodać ikonę, poszukaj sobie na przykład tutaj:
https://www.google.pl/search?q=icons48x48+minecraft&client=firefox-a&hs=m0v&rls=org.mozilla:pl-PL:official&source=lnms&tbm=isch&sa=X&ei=p86PUZS3FsHatAawwICwDA&ved=0CAoQ_AUoAQ&biw=1274&bih=641
Pobierz ikonę (48x48) i umieść na przykład w tym katalogu gdzie masz nowo utworzony skrypt. Teraz ponownie prawoklik na skrypt, określ ikonę. Jak wszystko dobrze hula po prostu przenieś skrypt na pulpit i już masz gotowe.